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Flatpak fournit plusieurs façons pour la distribution d’applications vers les utilisateurs. Pour la plupart des applications la méthode la plus pratique et efficace est d’utiliser Flathub, qui fournit un large dépôt centralisé d’applications Flatpak.

Alternativement, il est possible d’héberger un dépôt vous-même ou de distribuer les Flatpak comme des bundles d’un seul fichier.